Для онлайн прохождения Teenage Mutant Ninja Turtles III: The Manhattan Project требуется Adobe Flash Player. Устанавливать эмуляторы игровых приставок не нужно. Игра запустится после загрузки и клика по надписи "Нажмите здесь, чтобы начать игру" над игровым полем. Для переназначения клавиш управления нужно навести курсор на игровое поле и нажать первую иконку с "Гаечным ключом" во всплывающей нижней панели. За создание и загрузку сохранения отвечают иконки "Save state" (клавиша [F5]) и "Load state" (клавиша [F8]). Если игра Teenage Mutant Ninja Turtles III: The Manhattan Project подвисает или лагает, следует активировать полноэкранный режим, выбрав во всплывающей панели игры последнюю иконку со стрелочками "Развернуть на весь экран". Если игра не загружается или нет желания играть в онлайне, то можно скачать Teenage Mutant Ninja Turtles III: The Manhattan Project, а затем запустить ром-образ через эмуляторы Nintendo (NES) / Dendy на компьютере или телефоне под управлением операционной системы андройд.
